Die Doppelballonenteroskopie dient der Untersuchung des Dünndarms. Hierzu wird ein spezielles Endoskop benutzt, das sich raupenförmig durch den Dünndarm bewegt. Das Endoskop kann sowohl von oral als auch von anal eingeführt werden. Durch die Kombination beider Verfahren ist in der Regel die komplette Einsicht des ca. 5m langen Dünndarms möglich. Die Doppelballonenteroskopie schließt somit die Lücke zwischen Ösophagogastroduodenoskopie und Koloskopie.

Im Unterschied zur Kapselendoskopie können bei dieser Untersuchung auch Interventionen (Blutstillung, Polypenabtragung, Biopsien) durchgeführt werden.

Die Untersuchung wird in der Regel unter Sedierung mit Propofol durchgeführt.